民事法律行为无效，在经济活动中是比较常见的。税收征管实践中，纳税人因其民事法律行为被司法机关或者仲裁机构确认无效，就其涉税问题与税务机关发生纠纷也时有发生。民事法律行为无效，若当事人已经实际履行，则应当区分民事法律行为确认无效后能否恢复原状，是否实际上已产生经济上的效果，采用不同的处理思路。
未履行无效民事法律行为的涉税问题
无效的民事法律行为，如果当事人尚未履行，并未产生实质性经济效果，对于以民事法律行为所蕴含的经济事实为课税基础的无效的民事法律行为，一般并不会产生税收方面的问题。但可能存在两个例外情形。
一是关于印花税的退税问题。
如果民事法律行为是依据书立合同或者合同性质的协议成立的，那么书立的合同或者合同性质的协议（以下统称合同）就属于印花税的征税对象。无论合同所承载的民事法律行为是否无效，并不会对民事法律行为已成立的事实产生影响。因此，笔者认为，只要合同成立，就已满足印花税纳税义务的条件，就应依照税收法律法规履行纳税义务。即使民事法律行为被确认无效，并不会影响其载体合同的成立，针对书立合同课税的事实基础仍然满足，当事人书立合同时缴纳的印花税不应退还。
二是关于赔偿款项的涉税问题。
民事法律行为被确认无效，无过错方从过错方取得赔偿款项，无过错方应当计入收入总额计算缴纳企业所得税；过错方若能取得符合规定的扣除凭证，可以在企业所得税税前扣除。除此以外，不涉及其他税收问题。
已履行无效民事法律行为的涉税问题
民事法律行为被确认无效前，当事人已经履行交付货物、提供劳务或者服务、支付价款、开具发票等相应义务，符合税收法律法规规定的课税要件，依法依规申报缴纳相关税费。对于已履行的无效民事法律行为，在被确认无效前已缴纳过相关税费，则应根据民事法律行为被确认无效后能否恢复原状，采用不同的处理路径。
一是恢复原状的无效民事法律行为。
无效的民事法律行为自始无效，应当恢复原状。比如卖屋买卖合同、大型机器设备销售合同被确认无效后，卖方应当将已收款项返还给买方，买方应当将资产返还给买方。从经济实质而言，民事法律行为所产生的经济效果因无效而消灭。随之而来，当事人先前根据民事法律行为产生的经济效果缴纳的增值税、土地增值税、企业所得税、教育费附加等相关税费，也因民事法律行为无效而失去课税事实基础，那么相关税费应当退还给纳税人。印花税和赔偿款项的涉税处理，与未履行无效民事法律行为的涉税处理相同。
二是未恢复原状的无效民事法律行为。
无效的民事法律行为自始无效，但由于存在不能或者难以恢复原状的情形，在劳务、服务等领域表现尤其明显，不能恢复原状。虽然民事法律行为无效，但由于不能恢复原状，民事法律行为所蕴含的经济实质并没有消灭，从实质课税原则而言，先前已缴纳相关税费所依据的课税事实基础仍然存在，相关税费不应退还。
笔者认为，无过错方从过错方取得的赔偿款项，根据获得赔偿款项的是卖方还是买方，采取不同的涉税处理方法。若获得赔偿款项的是销售方，则销售方应当将取得的赔偿款项作为增值税价外费用，按照实质发生的经济业务项目缴纳增值税，还应当将取得的赔偿款中不含增值税的部分计入收入总额计算缴纳企业所得税；购买方若能取得符合规定的扣除凭证，可以在企业所得税税前扣除，但不能确认增值税进项税额抵扣销项税额。若获得赔偿款项的是购买方，则购买方应将取得的赔偿款项计入收入总额计算缴纳企业所得税；销售方若能取得符合规定的扣除凭证，可以在企业所得税税前扣除。
无效民事法律行为多缴税款处理问题
一是纳税人有权申请退税。
对于恢复原状的无效民事法律行为，纳税人先前根据无效民事法律行为蕴含的经济实质申报缴纳的相关税费，课税基础不复存在，从纳税人角度而言形成多缴税款，从税务机关角度而言形成不当得利。无论从多缴税款或者不当得利角度考虑，纳税人均有权申请退税。但是，纳税人能否成功退税，还取决于其是否及时向税务机关提出退税申请。
二是申请退税期限。
根据税收征管法第五十一条，纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还。但是，民事法律行为是否无效，需要人民法院或者仲裁机构通过冗长法定程序才能确定，所需时间少则数月，长则数年，客观上导致纳税人对多缴税款是否存在具有不可预测性，故而无法控制申请退税的时间。
笔者认为，税务机关应当基于合理行政的要求，审慎对待纳税人因民事法律行为无效多缴税款提起的退税申请。一种思路是将申请退税期限的起算点确定为终局司法裁判或者仲裁裁决确认民事法律行为无效之日，即在民事法律行为被终局司法裁判或者仲裁裁决确认无效之日起三年内，纳税人有权向税务机关申请退税。另一种思路是从充分保障纳税人权益的角度考量，将申请退税期限参照税务机关在特定情形下追征税款的五年期限来确定，同时将起算点确定为终局司法裁判或者仲裁裁决确认民事法律行为无效之日，即纳税人在民事法律行为被终局司法裁判或者仲裁裁决确认无效之日起五年内，纳税人有权向税务机关申请退税。
在新一轮税收征管法修订中，建议立法上区别对待无效民事法律行为导致多缴税款和纳税人超过应纳税额多缴税款的退税问题。具体而言，将纳税人提起退税申请的期限参照税务机关特殊情况下追征税款的五年期限来确定，同时将起算点确定为终局司法裁判或者仲裁裁决确认民事法律行为无效之日，而后者尤为需要。
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