发票问题恒来已久，不论是报销还是申请资金等等有时候都是需要相关的发票。但是发票并不能乱开，更是不能随意抵扣。那么如果不能抵扣的发票抵扣了怎么办？
已认证了的增值税发票不能抵扣怎么办?
根据《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》(国税函〔2009〕617号)的规定，增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。
另外，根据《国家税务总局关于未按期申报抵扣增值税扣税凭证有关问题的公告》(国家税务总局公告2011年第78号)的规定，增值税一般纳税人取得的增值税专用发票已认证或已采集上报信息但未按照规定期限申报抵扣，属于发生真实交易且符合本公告第二条规定的客观原因的，经主管税务机关审核，允许纳税人继续申报抵扣其进项税额。
增值税一般纳税人除本公告第二条规定的客观原因以外的其他原因造成增值税扣税凭证未按期申报抵扣的，仍按照现行增值税扣税凭证申报抵扣有关规定执行。
不该抵扣的发票抵扣了怎么办
1.根据规定，个人消费的进项税额是不得抵扣的。如果您在京东购买的物品虽然不是经营用产品，但是只要是公司用于经营管理的，也是可以抵扣进项税额的。比如您没有提到的各类办公用品，如打印纸、打印墨盒等都是可以抵扣进项税额。
如果是抵扣了不该抵扣的，当然就违反了税收法规，但是前提税务局也是要证据材料才能说明，否则税务局也无法擅自下结论就处罚您。如果您比较模范的遵守税法，可以自查自就纠，把不该抵扣进项的做进项税额转出就行了，然后补缴税金。
2.如果已经取得专票，经判断属于不该抵扣进项税额的，可以直接在增值税平台上勾选认证但不抵扣。
3.认证、抵扣、进项税额转出
企业取得了不得抵扣的专用发票，先正常认证、抵扣，再作进项税额转出。这种方法的优点是不会形成滞留票，缺点是比较麻烦。会计上，根据《财政部关于印发〈增值税会计处理规定〉的通知》（财会〔2016〕22号）第二条第一款第二项，以及《财政部会计司关于〈增值税会计处理规定〉有关问题的解读》第一条规定，一般纳税人购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产或不动产，用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或个人消费等，其进项税额按照现行增值税制度规定不得从销项税额中抵扣的。
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